Xây dựng quy trình phân type rs1801133 dựa trên kỹ thuật real-time HRM

Tóm tắt

rs1801133 là một đa hình đơn nucleotide nằm trên gene MTHFR thuộc nhiễm sắc thể số 1 ở người. Các allene của SNP này hưởng tới hoạt tính của enzyme MTHFR. Người mang genotype C/T của SNP này có hoạt tính enzyme bị giảm còn 66% trong khi người mang genotype T/T có hoạt tính bị giảm còn 25%. Khi hoạt tính enzyme MTHFR giảm sẽ dẫn đến tình trạng gia tăng homocysteine trong máu. Có rất nhiều bằng chứng về sự liên quan giữa tình trạng gia tăng homocysteine và các bệnh ở người như bệnh tim mạch, thần kinh, bất thường thai nhi, vô sinh, ung thư. Trong nghiên cứu này, chúng tôi xây dựng một quy trình phân tử nhằm phân type rs1801133 sử dụng kỹ thuật real-time HRM. Quy trình này có thể được sử dụng để chẩn đoán nguyên nhân phân tử của chứng tăng homocysteine trong máu của các chứng bệnh đã đề cập ở trên. Ngoài ra, nó cũng được sử dụng như một công cụ để nghiên cứu sự liên quangiữa SNP này với các chứng bệnh khác ở người. Chúng tôi đã thiết kế thành công các cặp primer nhằm phân type rs1801133 cũng như để giải trình tự nucleotide SNP này, cũng như đã khảo sát nồng độ MgCl2 thích hợp để phân biệt 3 dạng genotype tương ứng của rs1801133. Khảo sát các đặc tính kỹ thuật của quy trình như độ đặc hiệu kỹ thuật, độ lặp lại, độ tái lập cho kết quả tốt. Cuối cùng, quy trình real-time PCR HRM phân type rs1801133 trên 100 DNA mẫu lâm sàng có so sánh một phần với kỹ thuật giải trình tự nucleotide Sanger. Kết quả thu nhận được cho thấy quy trình phân type hiệu quả rs1801133 được áp dụng trên các mẫu thực tế, vì vậy quy trình này có thể được ứng dụng để phân type rs1801133 trong thực tế lâm sàng.