Ô nhiễm môi trường nước hiện là 1 trong 6 vấn đề môi trường bức xúc của Việt Nam. Nguồn nước mặt trong tỉnh Bắc Giang cũng đã có những dấu hiệu nhiễm bẩn dinh dưỡng và hữu cơ mà nghiêm trọng nhất là đoạn sông Cầu từ làng Vân đến Phả Lại, đoạn sông Thương phần chảy qua địa phận thành phố Bắc Giang và các ao hồ trong địa bàn thành phố Bắc Giang. Trong nước sông Cầu và sông Lục Nam đã phát hiện thấy hàm lượng của một số ion vi lượng vượt quá tiêu chuẩn cho phép như Mn và Sn.
