Phân tích đa dạng di truyền bộ gen lục lạp ở bộ Loa kèn

Tóm tắt

     Bộ Loa kèn là một bộ thực vật một lá mầm và bao gồm cả loài thực vật tự dưỡng và dị dưỡng cộng sinh với nấm; phân bố rộng khắp hoặc cục bộ tại một số vùng nhất định. Trong nghiên cứu này, da dạng di truyền của bộ Loa kèn được khảo sát thông qua phân tích đa dạng nucleotide và thành phần các loại trình tự lặp trong bộ gen lục lạp. Kết quả phân tích đa dạng nucleotide cho thấy rất nhiều trình tự có biến động cao trong vùng trình tự đơn lớn (LSC) và vùng trình tự đơn nhỏ (SSC) trong khi vùng trình tự lặp đảo thì có mức biến động thấp. Mặc dù từng họ trong bộ Loa kèn có các trình tự biến động đặc trưng nhưng vùng trình tự rps15-ycf1 có biến động cao được tìm thấy hầu hết trong các bộ gen lục lạp. Trong bộ gen lục lạp của bộ Loa kèn, các trình tự lặp đơn giản (SSR) loại nucleotide đơn là loại phổ biến và hầu hết các trình tự SSR nằm ở vùng không mã hóa. Tương tự như vậy, các trình tự lặp dài cũng chủ yếu được tìm thấy ở vùng không mã hóa. Ngoài ra, trình tự lặp đảo là trình tự lặp phổ biến hơn so với trình tự lặp liên tục trong bộ gen lục lạp của bộ Loa kèn. Số lượng trình tự lặp dài cao nhất được tìm thấy trong bộ gen lục lạp của loài Corsia dispar trong khi trình tự lặp đơn giản được xác định nhiều nhất trong loài Smilax china. Các kết quả nghiên cứu đa dạng nucleotide và trình tự lặp sẽ cung cấp các thông tin nền tảng cho các nghiên cứu tiếp theo trong lĩnh vực di truyền quần thể, chỉ thị phân tử và lịch sử tiến hóa của bộ Loa kèn.