Identifying of potential drugs for inhibition the M2 protein channel of influenza a by steered molecular dynamics
Tóm tắt
Kết hợp qui tắc Lipinski và phương pháp docking được sử dụng cho sàng lọc thô để tìm các hợp chất tiềm năng nhất từ ngân hàng hợp chất CHEMSPIDER, ngân hàng này có khoảng 1,4 triệu hợp chất (2013). Năng lượng liên kết ΔEbind thấp nhất thu được bằng phương pháp docking được xem như một hàm chấm điểm cho việc chọn các phối tử tiềm năng. Sàng lọc thô thu được các hợp chất tiềm năng với năng lượng thấp hơn -11.0 kcalmol-1 cho khả năng ức chế kênh M2 protein của virus cúm A H5N1. Bởi vì khả năng sàng lọc của phương pháp docking bị hạn chế nên các hợp chất tiềm năng được nghiên cứu chi tiết hơn bằng phương pháp SMD. Sử dụng phương pháp SMD là thay vì xác định năng lượng liên kết tự do, lực bứt ra (Fmax) để tách phối tử khỏi thụ thể được xem như là năng lượng liên kết. Lực bứt ra cao hơn điều đó có nghĩa phối tử bám vào thụ thể tốt hơn.
