NGHIÊN CỨU ĐỘNG LỰC HỌC PHÂN TỬ ReaxFF CỦA hCD38 TRONG DUNG DỊCH NƯỚC VỚI MỘT SỐ CHẤT ỨC CHẾ

Tóm tắt

Bài viết trình bày kết quả nghiên cứu mô phỏng động lực học phân tử trong môi trường dung
dịch nước của phức chất CD38 với một số chất ức chế vi mô và nano nhờ sử dụng trường lực phản ứng
ReaxFF tích hợp vào SCM ADF. Việc phân tích và xử lý kết quả dựa trên tệp quỹ đạo nguyên tử .rxkf
được tạo bằng ADF và được hỗ trợ bởi phần mềm bên ngoài Hbond. Kết quả cho thấy rằng, trước tiên,
ReaxFF có thể đưa ra cấu hình tâm hoạt động của protein trong vùng có khoảng cách R≤3A từ các
nguyên tử của chất ức chế 41Z, phù hợp với dữ liệu cấu trúc tinh thể trong khi trường lực cổ điển đánh
giá quá cao số phối trí của các nguyên tử này. Thứ hai, ngoài các yếu tố ảnh hưởng đến hoạt động của
chất ức chế như cấu trúc hóa học, nhóm chức và khả năng hình thành liên kết hydro, còn có một yếu tố
khác được gọi là yếu tố hình học liên quan đến mối quan hệ hình học giữa axit amin ở tâm hoạt động và
phối tử chất ức chế. Cụ thể, chất ức chế có hoạt tính ức chế CD38 cao hơn nếu: i) các nguyên tử của nó
tiếp cận với nhiều axit amin tâm hoạt động hơn; ii) tổng tần suất gặp các nguyên tử không phải hydro
của các axit amin ở khoảng cách R≤3 Å với các nguyên tử chất ức chế thấp hơn và iii) số lượng liên kết
hydro giữa chất ức chế và axit amin cũng như H2O cao hơn