Một số đặc điểm sinh học phân tử của virus gây hội chứng rồi loạn sinh sản và hô hấp ở lợn (PRRS) phân lập được tại Việt Nam từ các ổ dịch năm 2007,2010, 2013

Tóm tắt

Toàn bộ genome của 3 chủng virus PRRS: HT-07, QT-10, HD-13 đại diện phân lập được ở Hà Tây, Quảng Trị, Hải Dương tại các ổ dịch lợn mắc Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp (PRRS) trong các năm 2007, 2010, 2013 đã được giải trình tự, chiều dài của các bộ genome của 3 chủng virus là 15320 nucleotid. Trình tự các bộ genome của 3 chủng virus nói trên đã được so sánh với trình tự bộ genome của 29 chủng đại diện ở ngân hàng gen thế giới (GenBank) để lập cây phả hệ và xác định sự tiến hóa của loài. Kết quả nghiên cứu cho thấy cả 3 chủng virus PRRS phân lập được ở Việt Nam đều thuộc typ II (Bắc Mỹ), cùng phân nhóm với các chủng virus độc lực cao của Trung Quốc và có quan hệ họ hàng với chủng virus gốc VR-2332 (Bắc Mỹ).Trình tự nucleotid và amino acid của gen ORF5 đã được sử dụng để phân tích, so sánh và tính tỷ lệ tương đồng về nucleotid và amino acid giữa 3 chủng virus PRRS HT- 07, QT-10, HD -13 với nhau và với 4 chủng độc lực cao (JXA1, JXwn06, SY0608, 07HEBTJ) của Trung Quốc phân lập được từ những năm 2006 -2007. Kết quả so sánh cho thấy 3 chủng PRRS HT- 07, QT-10, HD -13 có tỷ lệ tương đồng với nhau rất cao về nucleotid (98,7-99,7%), về amimo acid (98-99,5%). So với 4 chủng của Trung Quốc thì chủng QT-10 có tỷ lệ tương đồng cao nhất về nucleotid (99,3-99,8%), về amino acid (99,5-100%) tiếp đến là chủng HT- 07 (99-99,5% về nucleotid và amino acid) và chủng HD -13 có tỷ lệ tương đồng thấp nhất về nucleotid (98,7-99,3%), về amino acid (98-99%). So sánh với chủng gốc Bắc Mỹ VR-2332 thì các chủng virus PRRS của Việt Nam có tỷ lệ tương đồng thấp hơn về nucleotid (88,9-89,2%), về amino acid (88-88,5%).