Giải mã và phân tích trình tự gen VP1 của một số chủng virus lở mồm long móng type A, phân lập được tại Hà Nội và Hà Tĩnh năm 2013

Tóm tắt

Những nghiên cứu về dịch tễ học phân tử trên cơ sở giải mã và phân tích gen VP1 của các chủng virus LMLM đã và đang lưu hành trên thế giới cho thấy virus LMLM type A được chia thành 10 phân type (genotype) chính (I - X). Trong nghiên cứu này, chúng tôi tiến hành giải mã và phân tích trình tự gen VP1 của 3 chủng virus LMLM type A phân lập được tại Hà Nội và Hà Tĩnh năm 2013. Kết quả phân tích về cây phả hệ (phylogenetic tree) cho thấy cả 3 chủng virus LMLM type A trong nghiên cứu này đều thuộc về phân type IX, đây là phân type đang lưu hành phổ biến ở Việt Nam trong những năm gần đây. Kết quả phân tích về trình tự nucleotide (nt) và amino acid (aa) của gen VP1 cho thấy 3 chủng virus LMLM A/VN/HN15/2013, A/VN/HN16/2015 và A/VN/HT21/2013 có mức độ tương đồng với nhau rất cao, tỷ lệ tương đồng về nt và aa là 100%. Tuy nhiên, 3 chủng này có mức độ tương đồng thấp hơn về trình tự nt và aa khi so sánh với các chủng virus LMLM type A tham chiếu khác của Việt Nam thu thập được trên ngân hàng GenBank Quốc tế, mức tương đồng dao động trong khoảng 89,7 - 91,5% về nt và 90,9 - 94,9% về aa.