Nghiên cứu phân tích và so sánh genome của một số chủng virus corona trong thú y

Tóm tắt

Coronavirus (CoV) là một tác nhân phổ biến gây ra bệnh đường ruột, hô hấp và nhiễm trùng hệ thống ở
nhiều loài động vật và con người. Tuy nhiên, hiện có ít bằng chứng cho thấy các động vật đồng hành có thể
là nguồn lây nhiễm cho các loài động vật khác kể cả cho người. Để hiểu rõ sự phức tạp về mặt di truyền của
CoV trong thú y, nghiên cứu so sánh các trình tự genome của CoV phân lập từ động vật đã được thực hiện.
Phân tích xác định nucleotide trung bình (ANI) đã hỗ trợ đánh giá nhanh mối quan hệ rất chặt chẽ giữa CoV
phân lập từ mèo (FCoV) và từ chó (CCoV). Phân tích cây phátsinh loài dựa trênANI có thể nhóm các chủng
CoV theo nguồn gốc vật chủ bị nhiễm, trong khi phân tích pan-genome đã giúp phân tách rõ ràng mối quan
hệ giữa các chủng khảo sát. Sự phân bố của các chủng CoVs phân lập từ mẫu lâm sàng trong mô hình phân
tích toàn bộ hệ gen đã cho phép quan sát các ổ sinh thái ban đầu của CoV chứ không phải nguồn phân lập từ
vật chủ. Ngoài ra, chúng tôi còn nhận thấy rằng các chủng FCoV độc lực nằm cùng nhóm với một số chủng
NL63 và 229E (HCoV) ở người, cho thấy mèo có thể nhạy cảm với HCoV hơn là chó. Như vậy, kết hợp các
phương pháp phân tích đã cho phép nâng cao độ phân giải của cây phátsinh loài, chỉ ra nguồn gốc có thể của
virus, tái tổ hợp và tương tác giữa virus - vật chủ, cũng như phát triển dấu chỉ thị sinh học trong chẩn đoán.