Sự lưu hành và biến đổi di truyền của virus cúm gia cầm type A/H5N6 tại Tỉnh Trà Vinh, Đồng Tháp và Kiên Giang

Tóm tắt

Nghiên cứu được tiến hành nhằm xác định sự lưu hành và biến đổi di truyền của virus cúm gia cầm type A/H5N6 tại 3 tỉnh Trà Vinh, Đồng Tháp và Kiên Giang. 432 mẫu swab hầu-họng được thu thập từ gà, vịt bán tại các điểm buôn bán, thu gom gia cầm tại 12 chợ thuộc 12 huyện của 3 tỉnh khảo sát, trung bình 36 mẫu/huyện. Bằng phương pháp realtime RT-PCR, những mẫu dương tính với virus cúm type A được kiểm tra subtype H5 và N6. Các mẫu sau khi được xác định có kết quả dương tính với virus cúm gia cầm type A/
H5N6 được chọn để giải trình tự gen H5 và xây dựng cây phả hệ của các chủng virus cúm A/H5N6 để so sánh với các chủng tham chiếu trên GenBank. Kết quả nghiên cứu cho thấy có sự lưu hành của virus cúm
gia cầm type A/H5N6 trong quần thể gà, vịt tại tỉnh Trà Vinh và Kiên Giang với tỷ lệ thấp là 1,39%. Tỷ lệ lưu hành của virus cúm gia cầm type A/H5N6 ở gà là 1,54% và ở vịt là 1,16%. Kết quả phân tích sự biến đổi nucleotide ở gà và vịt tại tỉnh Trà Vinh cho thấy sự tương đồng nucleotide giữa các chủng virus đang lưu hành tại tỉnh này (95,32%) và sự sai khác về amino acid so với các chủng virus khác ở Việt Nam và các chủng trên thế giới là 1,9- 12,2%. Các chủng virus cúm type A/H5N6 phân lập tại tỉnh Trà Vinh thuộc clade
2.3.4.4c và nằm trong nhánh phát sinh cùng với các chủng virus phân lập được trên vịt và vịt xiêm tại Việt Nam năm 2017-2019 và chủng virus phân lập trên ngỗng tại Trung Quốc năm 2016.