Nghiên cứu chế tạo mẫu chuẩn RNA bền với nucleases dùng trong định lượng virút viêm gan C.

Tóm tắt

Chứng dương (hay mẫu chuẩn) là thành phần không thể thiếu trong các xét nghiệm sinh học phân tử ứng dụng trong định lượng axit nucleic mục tiêu. Mẫu chuẩn thường được sử dụng phổ biến nhất là plasmid DNA, cDNA hay RNA trần với đặc tính kém bền và dễ bị phân hủy bởi các enzyme phân cắt axit nucleic tồn tại trong môi trường, vì vậy có thể ảnh hưởng tới độ chính xác của kết quả định lượng. Trong nghiên cứu này, nhóm tác giả thiết kế và tạo mẫu chuẩn có bản chất là một vùng trình tự RNA của virút viêm gan C (HCV) được đóng gói trong protein vỏ của thực khuẩn thể MS2 bằng công nghệ thiết kế armored RNA. Vùng trình tự không mã hóa 5’UTR của HCV được khuếch đại và tạo dòng vào plasmid BH20. Armored RNA HCV (AR-HCV) được cảm ứng biểu hiện trong tế bào E. coli BL21 (DE3) bằng bổ sung chất cảm ứng IPTG. AR-HCV được thu nhận bằng siêu ly tâm tỷ trọng sucrose, tinh sạch bằng cột sắc ký lọc gel Superdex 75 và được xác định nồng độ, đánh giá sự hình thành cấu trúc đóng gói virút bằng quan sát dưới kính hiển vi điện tử truyền qua (TEM). Kết quả đánh giá độ bền khi xử lý với đồng thời 2 enzyme DNase và RNase cho thấy AR-HCV có khả năng kháng các nucleases. Ngoài ra, AR-HCV duy trì được tính ổn định ở các điều kiện và thời gian bảo quản khác nhau. Khắc phục được hạn chế của các loại chất chuẩn khác, AR-HCV có thể bổ sung trực tiếp vào mẫu, giúp kiểm soát và đảm bảo độ chính xác của toàn bộ quy trình định lượng HCV.