Định danh vi khuẩn Bacillus trong chế phẩm Beejuvit Subtilis® bằng công cụ hóa sinh và sinh học phân tử: Thông báo số 2

Tóm tắt

Trong nghiên cứu trước (thông báo số 1)^], việc định danh vi khuẩn Bacillus trong chế phẩm probiotics Beejuvit subtilis^® với công cụ hóa sinh dựa trên các test thủy phân carbohydrat (bộ kít 50 CHB-Bio Merieux) cho kết quả định danh là Bacillus subtilis. Tuy nhiên, việc định danh với chỉ thị phân tử là trình tự rADN vùng 16S, một chỉ thị hiện đang được sử dụng phổ biến trên thế giới để định danh vi khuẩn, vi nấm đã không phân biệt được đây là loài B. subtilis hay B. amylolyquefaciens do sự tương đồng gần như hoàn toàn giữa 2 loài này về trình tự rADN 16S. Vì vậy, để trả lời câu hỏi chủng vi khuẩn nghiên cứu chính xác là loài nào trong 2 loài trên, nghiên cứu tiếp tục lựa chọn những chỉ thị phân tử đặc hiệu hơn. Một xu hướng mới trong các nghiên cứu phân loại vi sinh vật đang được quan tâm những năm gần đây là sử dụng chỉ thị phân tử gồm một loạt gen mã hóa protein thay thế cho các gen rADN. Bài báo này công bố kết quả định danh vi khuẩn Bacillus dựa trên so sánh trình tự các gen mã hóa enzym α-amylase (amyE), gen mã hóa tiểu đơn vị A của enzym gyrase (gyrA) và gen mã hóa tiểu đơn vị B của enzym ARN polymerase (rpoB).

Nguyên liệu

Chủng Bacillus sp. đã được phân lập từ dưa muối chua và được định danh sơ bộ bằng hình thái bởi ThS. Hoàng Văn Thái, Viện Vi sinh và Công nghệ sinh học, Trường Đại học Khoa học tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội. Chủng vi khuẩn này đã được sử dụng để sản xuất chế phẩm probiotics Beejuvit Subtilis^®.

Phương pháp nghiên cứu

            + Tách chiết và khuếch đại ADN: ADN tổng số được chiết tế bào vi khuẩn Bacillus sp., sử dụng bộ kit Winzard^® genomic DNA Purification Kit (Promega).

            + Nhân dòng sản phẩm PCR

            + Giải trình tự và phân tích trình tự ADN

Kết quả

            Bằng sự kết hợp so sánh trình tự của 3 gen (amyE, gyrA, rpoB), đã xác định chính xác chủng vi khuẩn nghiên cứu trong chế phẩm probiotics Beejuvit subtilis® là Bacillus subtilis. Đặc biệt, gen amyE có thể sử dụng làm một chỉ thị phân tử hiệu quả để giúp phân biệt giữa 2 loài B. subtilis và B. amyloliquefaciens.