XÁC ĐỊNH VÙNG BẢO TỒN CHỨC NĂNG VÀ DỰ ĐOÁN EPITOPE TẾ BÀO T TRÊN CÁC PROTEIN VIRUS CÚM A

Tóm tắt

Virus cúm A hiện đang là mối quan tâm toàn cầu do sự biến đổi nhanh chóng không ngừng về cấu trúc di truyền. Dựa trên các cơ sở dữ liệu thực nghiệm virus cúm A, chúng tôi đã tiến hành phân tích các vùng bảo tồn chức năng trên các protein của virus nhằm hổ trợ cho quá trình thiết kế vắcxin đa trị và dự đoán xu hướng biến đổi của các chủng virus. Nghiên cứu được thực hiện trên 11 protein chức năng là HA, NA, PA, NS1, NS2, M1, M2, NP, PB1, PB1_F2 và PB2. Từ các nhóm chức năng, các trình tự protein được phân nhóm theo các subtype, vật chủ, quốc gia và năm phân lập, sau đó được thực hiện sắp gióng cột nhiều trình tự bằng hai công cụ ClustalW và MAFFT. Các trình tự bảo tồn dài 9 amino acid được chọn để dự đoán epitope tế bào T bằng hệ thống dự đoán SEP (System for Epitope Prediction). Ngoài ra, chúng tôi cũng đã thực hiện việc dự đoán chức năng các vùng bảo tồn này dựa trên thông tin chức năng của protein virus cúm A từ cơ sở dữ liệu Swissprot.