Định tính chất và mô hình tương đồng yếu tố nhân kappa B alpha của cá sử dụng phương pháp mô phỏng máy tính

Tóm tắt

      Yếu tố nhân kappa B (NFκB) đóng vai trò quan trọng trong hệ miễn dịch của các loài sinh vật. Trong nghiên cứu này, tính chất hóa lý và cấu trúc phân tử protein NFκBIα củamột số loài cá như cá bảy màu (Poecilia reticulate), cá rạn (Stegastes partitus), cá nheo Mỹ (Ictalurus punctatus), cá vây tay (Latimeria chalumnae), cá mập ma (Callorhinchus milii) được phân tích bằng phương pháp in silico. Kết quả nghiên cứu đã ghi nhận điểm đẳng điện lý thuyết (pI: 4.37 – 5.09), hệ số tắt (EC: 17920– 37650 / 17420 – 36900), chỉ số béo (AI: 85.88 – 98.83), chỉ số bất ổn định (II: 39.83 – 49.09), tổng số dư lượng điện tích âm (-R: 47 – 55) và điện tích dương(+R: 19 – 29), hệ số GRAVY (-0.611 – -0.241) của phân tử protein NFκBIα trên cá. Ngoại trừ protein của cá bảy màu, tất cả các protein còn lại là protein dễ tan. Axit amin cysteine và các liên kết cysteine dược ghi nhận hiện diện trên tất cả các chuổi protein. Ở cấu trúc bậc hai, số lượng dạng xoắn (helices) và xoắn ngẫu nhiên (radom coils) với số lượng tương đương chiếm ưu thế và tiếp sau là dạng sợi (strands). Cấu trúc 3D của phân tử protein được thực hiện và được đánh giá là phù hợp cho phân tử protein NfκBIα thông qua kết quả kiểm định bằng chương trình PROCHECK Ramachandran, ProQ và ProSA.