Tối ưu hoá kỹ thuật PCR HRM nhằm bước đầu khảo sát mối liên hệ giữa SNP rs10941679 và bệnh ung thư vú ở người Việt Nam

Tóm tắt

Ung thư là loại phổ biến thứ hai trên thế giới, ảnh hưởng đến hàng triệu người và gây ra rất nhiều trường hợp tử vong. Việc nhận diện các chỉ thị di truyền là một trong số những cách thức chẩn đoán từ sớm, giúp bệnh nhân phát hiện bệnh, cũng như nhận được hướng chữa trị hợp lý. Các nghiên cứu gần đây cho thấy một vài điểm đa hình (SNP) ứng viên như rs10941679 (ở vị trí thượng nguồn gen MRPS30) có mối liên hệ chặt chẽ với ung thư vú ở người châu Âu và các dân tộc khác. Trong nghiên cứu này, mối liên hệ giữa SNP rs10941679 và ung thư vú ở người Việt Nam đã được khảo sát bước đầu. Phương pháp tầm soát kiểu gen của SNP sử dụng trong nghiên cứu này là phương pháp high resolution melt (HRM). HRM được thiết kế sử dụng phần mềm Umelt và được tối ưu hóa bằng cách thay đổi nhiệt độ bắt cặp mồi, cũng như nồng độ MgCl₂ để kết quả có thể phân biệt 3 dạng đường cong nóng chảy của 3 kiểu gen cho SNP rs10941679. Điều kiện tối ưu được lựa chọn là 58 ^oC và 3,0 mM. Bộ mẫu 100 ca/chứng được phân tích kiểu gen cho SNP rs10941679 bằng điều kiện hrm tối ưu. Kết quả phân tích cho thấy tần số của allele nguy cơ là 48,5 % trong nhóm bệnh nhân ung thư vú và 54,0 % trong nhóm người không bệnh. Phân tích hồi quy tuyến tính giữa sự hiện diện allele nguy cơ và kiểu gen chứa allele nguy cơ với biểu hiện bệnh cho thấy rs10941679 không liên quan với ung thư vú ở người Việt Nam (or = 0,80; 95 % ci =  [0,54 – 1,19]; pG = 0,27; pGG/GA = 0,56). Với cỡ mẫu nhỏ 100 ca/chứng độ tin cậy của phân tích này chỉ đạt 12,02 %. Để đạt được độ tin cậy 90 % cần sử dụng bộ mẫu lên tới 1691 ca/chứng. Kết quả nghiên cứu này cho thấy khả năng của rs10941679 liên quan đến sự phát triển ung thư vú ở người Việt Nam là rất thấp vì vậy chưa cần tập trung nghiên cứu SNP này trong các nghiên cứu sắp tới nhằm tìm kiếm chỉ thị di truyền cho ung thư vú ở người Việt Nam.