Thuật toán lập bản đồ gen để xác định vi trí gen mang mầm bệnh

Tóm tắt

“Lập bản đồ gen” chính là việc lập bản đồ của các gen để xác định vị trí trên các nhiễm sắc thể. Đây là một bước then chốt trong việc hiểu về các bệnh di truyền. Có hai loại “lập bản đồ gen”: lập bản đồ di truyền – sử dụng phân tích liên kết để xác định mối quan hệ của hai gen trên một nhiễm sắc thể; lập bản đồ vật lý – sử dụng các kỹ thuật hoặc các thông tin sẵn có để xác định vị trí tuyệt đối của gen trên một nhiễm sắc thể. Trong bài báo này chúng tôi đề xuất một hướng tiếp cận qua đó nâng cao hiệu suất của thuật toán sử dụng việc phân tích liên kết để lập bản đồ gen. Chúng tôi đã xây dựng thuật toán dùng phương pháp Haplotype Pattern Mining (HPM) và Density Based Spatial Clustering of Application with Noise (DBSCAN). Thuật toán này được thực hiện trên hệ thống tính toán lưới gồm các cluster của IOIT-HCM (Phân viện Công nghệ thông tin tại TP. Hồ Chí Minh) và của KISTI (Korea Institute of Science and Technology Information)..