Tư tưởng triết học của Lê Hữu Trác là sự hài hòa giữa các quan điểm Nho - Phật - Lão với truyền thống tư tưởng triết lý, đạo đức dân tộc để tạo nên một hệ thống lý luận mang khuynh hướng duy vật và tư tưởng biện chứng trong lĩnh vực triết học và y học